Það er ábyrgðarleysi að gefa út leyfi fyrir fiskeldi í sjókvíum ef eldisfyrirtækin geta ekki sýnt fram á að þau valda ekki skaða á umhverfi sínu.
Úttekt Náttúrufræðistofu Vestfjarða hefur staðfest að mengun safnast saman á botninum fyrir neðan sjókvíar í Patreksfirði. Hefur það meðal annars haft þau áhrif að dýrategundum hefur fækkað í nágrenni við þær. Þar dugar ekki að hvíla eldissvæðin því sömu mælingar sýna að saurmengunina hefur rekið með straumum inn fjörðinn og safnast þar upp.
Skv. frétt RÚV um málið:
„Í kæru vegna starfsleyfis Arctic Seafarm segir að fjölmargar athugasemdir hafi borist vegna fyrirhugaðs starfsleyfis en að þær hafi verið virtar að vettugi og leyfið gefið út nær óbreytt. Þá segir í kæru vegna rekstrarleyfis Arctic Sea Farm að Matvælastofnun hafi gefið það út án þess að gefa kost á athugasemdum. …
Kærendur segja að vanræksla leyfisveitenda og annmarkar á leyfunum og útgáfum þeirra valdi ógildingu þeirra. Í kærunni eru gerðar athugasemdir við fordæmalausa stærð eldisins, sammögnunaráhrif laxeldis í fjörðunum, magn úrgangs, upplýsingar til almennings sem og áhrif eldisins á aðra nytjafiska. Þá er ein aðalahtugasemd kærenda að þeir telja íslensk stjórnvöld ekki hafa rétt til að afhenda eignar- og afnotarétt að hafsvæði við landið, til þess skorti lagaheimild. „